前身是上海社会科学院“上海五国”研究中心，成立于2000年12月，2001年6月15日上海合作组织正式改名后改为现名。本中心是中国国内，也是国际上最早成立的专门研究“上海五国”-上海合作组织进程的学术机构。

本中心由中国欧亚学会会长，中国前驻俄罗斯大使李凤林担任高级顾问，由中国欧亚学会常务理事，上海社会科学院欧亚研究所所长潘光担任主任，另设副主任，秘书长，副秘书长，并聘请国内外知名专家担任高级研究员和研究项目主任。

本中心的宗旨和任务是：１．促进有关“上海五国”－上海合作组织进程的综合研究，推出这一领域的高质量学术研究成果；2.积极开展该领域的国内外学术交流，特别是与上海合作组织成员国，与其它中亚、南亚、中东和独联体国家，以及与美、欧、日等西方国家同行的对话与合作；3.为政府部门和国内外企事业单位提供市场和态势分析、发展战略、决策选择等方面的咨询服务。